Après la guerre d'indépendance, les Lumbee sont demeurés en paix avec leurs voisins blancs. Jusqu'en 1835, les Lumbee ont joui des privilèges de la citoyenneté, y compris le droit de vote. Cette année là, l'Etat de Caroline du Nord promulgue une nouvelle constitution destinée à contrôler les non-Blancs et à prévenir les révoltes d'esclaves. Cette constitution interdit le vote aux "personnes de couleur", ainsi que de servir comme jurés dans les tribunaux, de témoigner contre des Blancs, de posséder des armes et d'apprendre à lire et à écrire. Bien que la constitution n'ait pas cité nommément les Lumbee, les tribunaux leur ont appliqué ces mesures aussi bien qu'aux Noirs. Comme les Lumbee ne bénéficiaient plus des droits civiques fondamentaux, ils sont devenus la cible de Blancs sans scrupules qui les escroquaient, s'appropriaient leurs terres et les forçaient à travailler sans être payés, une situation proche de l'esclavage.
   Au début de la guerre de Sécession, les Lumbee, n'étant pas blancs, sont exclus de la conscription. La Confédération sudiste les emploie à la construction de forts, les planteurs blancs refusant que leurs esclaves noirs soient utilisés pour ce travail. Une épidémie de fièvre jaune s'étant abattue sur la région en 1862, réduisant la main-d'œuvre, les Lumbee sont alors enrôlés de force comme travailleurs au service de l'armée confédérée. Tandis qu'ils se cachent pour échapper aux Confédérés, des Lumbee entrent en contact avec des soldats nordistes évadés des prisons sudistes. Des Lumbee donnent parfois asile à des soldats nordistes, et la tribu lumbee devient une enclave pro-nordiste. Les familles lumbee souffrent beaucoup de l'absence des hommes, obligés de vivre en proscrits dans les marais et les forêts de la région.

   En 1864, Henry Berry Lowry, le héros légendaire des Lumbee, alors âgé de seulement seize ans, prend la tête d'un soulèvement pour protester contre les mauvais traitements et les injustices dont les siens sont victimes.
    La famille Lowry a dérobé quelques cochons à un planteur et les a ramenés à la ferme où elle cache des soldats nordistes évadés. Le planteur va dénoncer les Lowry aux autorités. Henry Berry et ses frères attirent le planteur dans une embuscade, puis s'enfuient dans les marais. Un mois plus tard, ils tuent les agents chargés du recrutement forcé des travailleurs indiens.
    Les Lowry et leurs partisans sont maintenant en guerre ouverte contre les Confédérés. Lors d'un raid audacieux contre le tribunal du Comté de Robeson, ils s'emparent d'armes et de munitions. Ils mènent une série de raids contre les riches plantations, épargnant les petites fermes, celles des plus modestes. Les Lumbee partagent volontiers leur butin, en particulier les provisions, avec les Noirs, les Indiens et les Blancs pauvres.
    Au printemps 1865, la "Home Guard" de l'Etat de Caroline du Nord attaque les fermes et les possessions des Lumbee, espérant, en vain, s'emparer de Henry Berry Lowry et de ses partisans. En perquisitionnant chez le père de Henry Berry, les soldats découvrent le pommeau d'or d'une canne qui avait été volée à un riche planteur. Tous les habitants de la maison sont arrêtés. Les soldats emmènent dans un bois le père de Henry Berry et l'un de ses frères et les exécutent. Le lendemain, une unité nordiste sous les ordres du général William T. Sherman investit le Comté de Robeson, obligeant la "Home Guard" a relâcher les prisonniers indiens.
Les Lumbee sont heureux de la victoire du Nord. Ayant apporté, souvent à leurs risques et périls, toute l'aide qu'ils pouvaient aux troupes nordistes, ils espèrent être libérés de l'oppression sudiste. Mais les troupes de Sherman ne voient pas clairement la différence entre amis et ennemis. Appliquant la politique de la terre brûlée, ils s'emparent des biens des Lumbee loyaux aussi bien que de ceux des planteurs rebelles.
    Quand les troupes nordistes quittent la Caroline du Nord, ils laissent les Lumbee dans une situation économique pire qu'avant leur venue. Bien plus, les sympathies des Lumbee pour le Nord leur valent les persécutions des Blancs du Sud. Lowry et sa bande, dont les effectifs se sont accrus, sont obligés de continuer leurs pillages afin de se nourrir eux et leurs familles.
    La victoire du Nord n'a pas rendu leurs droits civiques aux Lumbee. En fait, les anciens confédérés sudistes, appelés les Conservateurs, demeurent au pouvoir en Caroline du Nord. Les Lumbee se tournent vers le Gouvernement fédéral dans l'espoir d'obtenir la condamnation des membres de la "Home Guard" qui ont tué des Indiens. Mais le gouvernement, à ce moment dominé par les Républicains, ne donne pas suite à la demande, jugée inopportune.

   Les fonctionnaires fédéraux refusent de reconnaître le combat de Lowry et des siens comme une guérilla nordiste menée contre les Confédérés, mais au contraire les pourchassent comme des criminels de droit commun. Lowry et sa bande demeurent des hors la loi, contraints à se cacher dans les régions marécageuses de la Lumber River, lançant des attaques contre les riches propriétés, déjouant les poursuites de l'armée envoyée contre eux.
   A la fin des années 1860 et au début des années 1870, Henry Berry Lowry est une figure légendaire. Il vole les riches, donne aux pauvres, réussit d'audacieuses évasions, libère les membres de sa bande emprisonnés. Il accompli l'un de ses plus remarquables exploits en juillet 1871. Des soldats se sont emparés de femmes lumbee pour les garder en otages. Henry Berry se présente seul, tirant sur les soldats en se protégeant derrière son canoë. Il contraint les dix-huit soldats à battre en retraite, emportant leurs blessés. Henry Berry se fait remettre les otages lumbee en menaçant d'enlever des femmes blanches et de les emmener dans les marais, une menace prise, semble-t-il, très au sérieux.
   En février 1872, Lowry et ses hommes dévalisent un magasin à Lumberton. Mais au lieu de s'emparer de nourriture, ils s'enfuient avec 22 000 dollars. Ce sera le dernier raid connu de la bande et on perd la trace d'Henry Berry. La mystérieuse disparition d'Henry Berry contribua à son héroïque légende. Il fut un homme remarquable qui s'était battu contre l'injustice, la discrimination raciale et qui a largement aidé à préserver l'identité ethnique de son peuple. Les exploits de sa bande ont rendu leur fierté aux Lumbee et aux Indiens du Sud en général, et la conscience de leur capacité à contrôler leur propre vie.